Pirmoji Lietuvos kino organizacija, pavadinimu Lietuvos kinematografininkų mėgėjų sąjunga, buvo įkurta 1931 metų gegužės 2 dieną Kaune. Jos steigėjas ir pirmasis pirmininkas – kino operatorius Stepas Uzdonas.

Nuo 1958 metų Sąjunga veikė kaip TSRS Kinematografininkų sąjungos padalinys. Iki 1963 metų Sąjungai vadovavo Organizacinis biuras (pirmininkas - Juozas Baltušis), nuo 1963 m. – Valdyba. Pirmieji sekretoriai: Jonas Gricius (1963–1968), Raimondas Vabalas (1968–1974). Valdybos pirmininkai: Jonas Gricius (1981–1988), Skirmantas Valiulis (1988–1991).

Atkūrus nepriklausomybę, 1990 metų gegužės 29 dieną Visuotinis sąjungos narių susirinkimas paskelbė, kad įkuriama visuomeninė organizacija – savarankiška ir nepriklausoma Lietuvos kinematografininkų sąjunga, vienijanti visų sričių kino darbuotojus profesionalus. 1992 metų liepos 2 dieną įregistruota kaip profesinė-kūrybinė sąjunga. 2005 metų gegužės mėnesį Sąjungai suteiktas Meno kūrėjų organizacijos asociacijos juridinis statusas, o 232 Sąjungos nariams suteiktas Meno kūrėjo statusas.

Nuo 1991 iki 2017 metų Sąjungai vadovavo kino režisierius Gytis Lukšas. 2017 m. birželio 6 d. Visuotinio narių susirinkimo sprendimu pirmininku išrinktas kino režisierius Arūnas Matelis. Sąjungoje dabar veikia 9 gildijos (režisierių, kino operatorių, kino kritikų, animatorių, aktorių, dailininkų, garso, kino darbuotojų, dokumentikų), kurioms vadovauja gildijų patikėtiniai. Aukščiausia valdymo institucija – Visuotinis narių susirinkimas, kviečiamas kasmet. Tarp susirinkimų Sąjungos veiklai vadovauja Patikėtinių taryba ir Pirmininkas. 

Sąjungos veiklos prioritetai

Kūrybinės programos
Kino kūrėjų – Sąjungos narių kūrybinės veiklos, dalyvavimo tarptautiniuose kino festivaliuose rėmimas, premjerų, autorinių vakarų ir peržiūrų organizavimas, leidinių apie kino meną inicijavimas, leidybos skatinimas bei rėmimas, edukacinių kino programų vykdymas.

Sąjungos narių teisės
Kino kūrėjų – Sąjungos narių autorinių, gretutinių ir socialinių teisių gynimas, atstovavimas Sąjungos narių interesams įvairiose valstybinėse institucijose.

Kino politika
Kino politikos formavimas ir integravimas į bendrą Lietuvos kultūros politikos kontekstą, aktualių kino visuomenės problemų viešinimas, analizė bei galimų sprendimų paieškos, Lietuvos įstatymų, susijusių su kinu, inicijavimas.

Kino sklaida
Informacijos apie Sąjungos narių veiklą viešinimas, bendradarbiavimo tarp tarptautinių festivalių organizatorių, Lietuvos ir užsienio kino vertintojų, platintojų bei žiūrovų iniciavimas, kūrybinių partnerysčių vystymas.

Narystė
Lietuvos kinematografininkų sąjunga yra Lietuvos meno kūrėjų asociacijos (LMKA) ir Europos kino režisierių federacijos (FERA) narė. 

Lietuvos kinematografininkų sąjungoje dabar yra 230 narių ( 99 moterys ir 131 vyras ).